Os principais objetivos da criação do Refúgio de Vida Silvestre Banhado do Maçarico são: preservar a dinâmica hídrica das áreas de nascente que alimentam o sistema hidrológico do Taim ao sul e as drenagens naturais associadas ao estuário da Laguna dos Patos; Preservar amostras das fisionomias palustres do Banhado do Maçarico e de seus ecossistemas associados; Preservar área de reconhecida importância internacional para conservação de aves; Garantir a integridade de habitats para manter populações de espécies ameaçadas de extinção; Preservar áreas insubstituíveis para uma população isolada de macuquinho-da-várzea (Scytalopus iraiensis) e preservar áreas de importância para a reprodução da espécie migratória caboclinho-de-papo-branco (Sporophila palustres).