A gestão da flora nativa do bioma Mata Atlântica no Rio Grande do Sul, conforme prevê a Lei Federal nº 11.428/2006, é de competência da Secretaria do Meio Ambiente e Infraestrutura-SEMA.

A SEMA, por sua vez, delega a competência para o licenciamento de manejo da vegetação nativa aos municípios desde que estejam devidamente qualificados pelo CONSEMA firmando o Convênio da Mata Atlântica, independentemente da área municipal (percentual) considerada como parte do Bioma. Para os casos em que o município não seja conveniado, ou que o licenciamento exceda as delimitações de impacto local previstos na Resolução CONSEMA 372-2018, o licenciamento para o manejo da vegetação nativa é de competência da FEPAM.

A Resolução CONSEMA 372/2018, foi publicada na data de 02 de março de 2018 e seu conteúdo atualiza os portes de impacto local passíveis de licenciamento pelos Órgãos Municipais de Meio Ambiente, trazendo algumas novidades no âmbito do manejo de vegetação nativa, como a possibilidade do órgão municipal licenciar o manejo de espécies imunes ao corte, antes de exclusividade do Estado, bem como o manejo de campo através de queima controlada em áreas não mecanizáveis.

Os municípios que possuem remanescentes das formações de vegetação nativa integrantes do Bioma Mata Atlântica, conforme previsto no Art. 1º do Decreto Federal 6.660/2008, constam no Mapa elaborado pelo IBGE que define os limites da área de aplicação da Lei da Mata Atlântica. Os remanescentes de vegetação nativa que avançam sobre os limites do Bioma Pampa, naquelas regiões de contato entre os dois biomas, estão igualmente submetidos ao regime jurídico e dispositivos protetivos da Lei 11.428/2006.

A Portaria Conjunta SEMA-FEPAM nº 03, de 29 de janeiro de 2020, estabelece os critérios e procedimentos para o Termo de Cooperação entre Estado e Município para a delegação de competência de gestão da flora nativa no Bioma Mata Atlântica.